Les milieux aquatiques et cours d’eau bretons présentent une grande diversité biologique, les caractéristiques géologiques, morphologiques et hydrologiques étant variées entre l’Ouest et l’Est de la région.
D’une part, cette diversité (faune et flore) confère aux cours d’eau et aux milieux aquatiques une forte valeur patrimoniale dont la préservation est un enjeu majeur. D’autre part, les usages multiples de cette ressource (production d’eau potable, industrie, loisirs aquatiques, aquaculture...) en font un bien commun dont la protection est d’intérêt général.  

En 1971, dans le cadre d’un inventaire national, des suivis analytiques sont mis en place sur les cours d’eau, dans chacune des régions françaises .
A partir de 1987, ces points de suivis constituent le Réseau National de Bassin (RNB). Ce réseau, dont la maîtrise d’ouvrage est assurée par l’Agence de l’eau Loire-Bretagne, a pour objectif de fournir les données nécessaires à l’évaluation de la qualité des cours d’eau en des points stratégiques du bassin et d’en suivre l’évolution.

L’évaluation de la qualité des eaux s’effectue par la recherche des causes des perturbations (analyses physico-chimiques) mais aussi par la recherche des effets des altérations chimiques ou physiques du milieu sur les organismes vivants (analyses biologiques, inventaire de la composition des populations de macroinvertébrés, diatomées, macrophytes, poissons...). L’évaluation globale de la qualité des milieux aquatiques nécessite donc les deux compartiments (physico-chimie et biologie).

La dégradation de la qualité des eaux de surface est liée principalement à des rejets d’eaux épurées et à des pollutions diffuses commes les nitrates, le phosphore, les produits phyto-sanitaires et les matières organiques, qui proviennent de différentes sources (agriculture, industrie, zones urbanisées, eaux pluviales ...).

La dégradation de la qualité des cours d’eau peut aussi être due à des altérations physiques tels que les aménagements hydrauliques (digues, barrages, seuil, curages, recalibrages ...).

En 2007, afin de répondre aux exigences de la Directive Cadre européenne sur l’Eau (DCE), à savoir notamment l’atteinte du bon état écologiques pour la plupart des masses d’eau d’ici 2015, un nouveau réseau de suivi a été mis en place au niveau national. Ce réseau de surveillance a pour objectif de suivre la qualité physico-chimique des cours d’eau mais aussi la qualité biologique, pour établir "l’état écologique" global du cours d’eau.

Il s’agit du réseau de contrôle de surveillance (RCS), constitué de 87 points de suivi pour la région Bretagne et de plus de 400 points de suivi à l’échelle du bassin Loire-Bretagne. Le réseau RCS est constitué de 22 points appartenant anciennement au RNB (sur 87).